Московский театр Новая Опера был создан в 1991 году по инициативе художественного руководителя театра дирижера Евгения Колобова и мэра Москвы Юрия Лужкова.
Здание театра в саду «Эрмитаж», построенное в 1997 году, — это зал на 660 мест, оснащенный современным светотехническим оборудованием и механикой сцены, которые позволяют ставить спектакли со сложными сценическими эффектами. Театр располагает собственными аудио- и видеостудией.
В 1999 году театр принят в Европейское оперное сообщество Opera Europa.